Na zdjęciu zespół MKS „Odra”, który zdobył 3 miejsce w ekstraklasie

Przed pierwszym sezonem w ekstraklasie cel był jasny – Odra musi utrzymać się w ekstraklasie. Aby zrealizować tą misję pozyskano m.in. Pawła Primela, Krzysztofa Zagórskiego i Piotra Jegora.

Pierwszy mecz w ekstraklasie Odra zagrała przed własną publicznością. Przeciwnikiem była Polonia Warszawa. Historycznego, pierwszego gola dla Odry strzelił z rzutu karnego Ryszard Wieczorek, a Odra ostatecznie wygrała na inaugurację 3:1. Zespoł z Wodzisławia po rundzie jesiennej rozgrywek ekstraklasy uplasował się nieoczekiwanie na 5 miejscu. W Pucharze Polski Odra również zaszła daleko. Pierwszy raz w historii klub wystąpił w półfinale tej imprezy i dopiero na tym etapie musieliśmy uznać wyższość Legii Warszawa, przegrywając 0:3. Odra zaskoczyła także w rundzie wiosennej. W trakcie sezonu zespół został zgłoszony do Pucharu INTERTOTO, w związku z czym doszło do kuriozalnej sytuacji. Mecze w Pucharze INTERTOTO Odra grała jeszcze podczas trwania rozgrywek ligowych, natomiast w ostatniej ligowej kolejce nasz zespół zapewnił sobie 3 miejsce w tabeli i udział w Pucharze UEFA. Dzięki temu, bez względu na miejsce w pucharze INTERTOTO, Odra mogła zagrać w Pucharze UEFA.

W rozgrykach Pucharu INTERTOTO, Odra zajęła w grupie 3 miejsce, zostawiając za sobą MSK Żlina i Austrę Wiedeń, którą pokonaliśmy na słynnym Praterze aż 5:1. W Pucharze UEFA Odra pokonała w 1 rundzie Pobedę Prilep, by w drugiej rundzie uznać wyższość Rotoru Wołgograd. W Rosji piłkarze Odry ulegli Rotorowi 0:2. Podczas rewanżu, do przerwy prowadziliśmy już 3:1 i brakowało jednej bramki do awansu. Niestety, to Rotor zaczął strzelać gole i ostatecznie ulegliśmy 3:4, kończąc swoją przygodę z Pucharem UEFA.

W kolejnym sezonie w ekstraklasie Odra zajęła 9. miejsce, co zostało odebrane jako porażka. Odkryciem sezonu był niewątpliwie Mariusz Nosal, który przesunięty z obrony do ataku strzelił 11 bramek. Rok później w oczy zajrzało widmo spadku. Po rundzie jesiennej Odra miała na koncie tylko 9 punktów i zajmowała ostatnie miejsce w tabeli. Zespół przejął Jerzy Wyrobek i dokonał rzeczy wręcz niemożliwej. W rundzie rewanżowej Odra zdobyła 23 punkty i utrzymała się w lidze. Drużyna została okrzyknięta „rycerzami wiosny”. Sezony 1999/2000 i 2000/2001 to 9. lokaty w lidze i spokojne utrzymanie. W ówczesnym zespole grali tacy zawodnicy jak: Łukasz Sosin, Michał Chałbinski, Paweł Primel, Grzegorz Rasiak, Piotr Jegor, Artur Kościuk, Paweł Sibik, Jacek Berensztajn, Jacek Matyja, Jan Woś, Mirosław Staniek czy Przemysław Pluta.